Cube Craft läuft auf einer proprietären Voxel-Physik-Engine, die strukturelle Integrität in Echtzeit berechnet. Jeder platzierte Block beeinflusst benachbarte Blöcke durch ein Gravitationssimulationssystem, das Kragarme bis zu 12 Blöcke horizontal ohne Stützsäulen unterstützt. Die Engine verarbeitet Kollisionserkennung mit 60 Bildern pro Sekunde selbst in Welten mit über 500.000 platzierten Blöcken.
Das Materialinteraktionssystem erkennt 47 verschiedene Blockeigenschaften einschließlich Brennbarkeit, Leitfähigkeit, Transparenz und Gewicht. Wasserblöcke fließen mithilfe zellulärer Automatenalgorithmen und breiten sich über 8 benachbarte Zellen pro Tick aus. Redstone-äquivalente Schaltkreise unterstützen Logikgatter, Timer und Speicherzellen, die funktionsfähige Computer ermöglichen, die vollständig innerhalb der Spielwelt gebaut werden.
Die Multiplayer-Architektur verwendet chunk-basierte Synchronisation und unterteilt Welten in 16x16x16-Blockregionen. Nur modifizierte Chunks übertragen Daten, wodurch die Bandbreite während des aktiven gemeinsamen Bauens auf unter 2KB pro Sekunde reduziert wird. Der Server unterstützt bis zu 32 gleichzeitige Baumeister in einer einzigen Welt mit automatischer Konfliktlösung, wenn mehrere Spieler denselben Block bearbeiten.